FuelPHP の Parser の設定方法がないか、と調べたところ、実は簡単でした。

app/config/parser.php で設定できます。ただし、app/config/parser.php は初期状態では存在しません。なので、packages/parser/config/parser.php を参考に、自分で作成する必要があります。(packages/parser/config/parser.php のソースコメントに記載されていました。)

/**
 * NOTICE:
 *
 * If you need to make modifications to the default configuration, copy
 * this file to your app/config folder, and make them in there.
 *
 * This will allow you to upgrade fuel without losing your custom config.
 */

拡張子 html で PHPTAL を使うには、下記のように app/config/parser.php に記載してください。

return array(
	'extensions' => array(
		'html'    => 'View_Phptal',
	),
);

こうすると、View::forge('index.html') のように記述すると、View_Phptal を呼び出し、テンプレートファイルを PHPTAL テンプレートエンジンで解釈します。