WordPress のバージョン管理は、Subversion(SVN) を使っています。最近では GitHub が人気らしいです。
WordPress は、既に8000以上のプラグインが公式登録されています。プラグインのバージョン管理も Subversion です。このため、GitHub に乗り換えるのは、簡単ではないでしょう。
使い方自体は、通常のサバージョン利用方法とほぼ同じです。詳しい説明は公式サイトUsing Subversionをごらんください。コマンドラインからでも、TortoiseSVN等のGUIツールでも構いません。
wordpress.org のアカウントIDとPASSをそのまま使用します。SVN利用には申請が必要です。Plugins Developer Centerから申請してください。