array_key_exists と isset の違いについて、プログラミングPHP 第2版(PHP技術者認定機構上級試験の教材)の第5章 配列で紹介されていました。

検証してみました。テストに lime.php を利用しています。

require('lime.php');
$t = new lime_test(null,new lime_output_color);
$zeroarray = array(0);
$emptyarray = array("");
$nullarray = array(NULL);
$t->diag('isset test');
$t->is(isset($zeroarray[0]),true,'zeroarray[0]');
$t->is(isset($emptyarray[0]),true,'emptyarray[0]');
$t->is(isset($nullarray[0]),true,'nullarray[0]');
$t->diag('array_key_exists test');
$t->is(array_key_exists(0,$zeroarray),true,'zeroarray');
$t->is(array_key_exists(0,$emptyarray),true,'emptyarray');
$t->is(array_key_exists(0,$nullarray),true,'nullarray');

出力結果は下記のようになります。
# isset test
ok 1 - zeroarray[0]
ok 2 - emptyarray[0]
not ok 3 - nullarray[0]
# Failed test (./null.php at line 9)
# got: false
# expected: true
# array_key_exists test
ok 4 - zeroarray
ok 5 - emptyarray
ok 6 - nullarray
1..6
# Looks like you failed 1 tests of 6.

配列のキーが NULL の場合、isset は false, array_key_exists は true となることが確かめられました。公式マニュアルでも、issetは、「変数がセットされていること、そして NULL でないことを検査する」となっています。

なお、速度では isset が array_key_exists に勝ります。なので、(NULL のケースで問題が生じるのでなければ)isset を使う、というのが良いようです。