MySQLデータベースを生成する場合、CREATE TABLE IF NOT EXISTSを使うと、作成済みのテーブルを作ろうとするエラーを防げます。しかし、その後のスクリプトの処理が面倒になるっぽいです。

元ネタはPHP逆引きレシピ 第2版 (PROGRAMMER’S RECiPE)のレシピ270です。コードのライセンスは修正BSDです。

$sql = "CREATE TABLE IF NOT EXISTS example (
    id INT(11) NOT NULL auto_increment PRIMARY KEY,
    message TEXT
) DEFAULT CHARSET=utf8";

try {
    $db = new PDO($dsn,$dbUser,$dbPass);
    $db->setAttribute(PDO::ATTR_EMULATE_PREPARES, false);
    $db->setAttribute(PDO::ATTR_ERRMODE, PDO::ERRMODE_EXCEPTION);
    $db->query($sql);
    echo 'Table created!';
} catch (PDOException $e) {
    echo htmlspecialchars($e->getMessage(),ENT_QUOTES,'UTF-8');
}

テーブルを作成するSQLを実行するスクリプトです。テーブルexampleが無ければ作成し、Table created!を出力します。

では、テーブルexampleがある場合はどうなるでしょうか。SQL内にCREATE TABLE IF NOT EXISTSがあります。これは「テーブルが無い場合は作成しなさい」という命令なので、実行すると「テーブルがあるので何もしなかったよ（エラーではないよ）」と返ってきます。そうするとスクリプトは正常に実行されて、（実際には何もしていないのに）Table created!を出力します。
db->query($sql);の結果が正常終了となると、スクリプト側での判定（テーブルを作ったのか／テーブル作成済みで何もしなかったのか）は難しそうです。テーブル作成後に初期データ流し込み、という処理を書いた場合、このコードを二回実行すると、テーブル作成は一回だけですが初期データが二回挿入されます。この辺、うまく処理できると嬉しいのですが。

なお、CREATE TABLEだけを記述した場合は、echo htmlspecialchars($e->getMessage(),ENT_QUOTES,'UTF-8');が

SQLSTATE[42S01]: Base table or view already exists: 1050 Table 'example' already exists

というエラーを表示します。なのでテーブルが既に存在している場合の処理を変える事ができます。だからといって、わざわざIF NOT EXISTSを外すのもイマイチかな、と思います。